三代测序技术助力真菌基因组测序

1、实验步骤1，材料选取2，DNA样品3，文库构建4，测序5，信息分析

2、技术流程

5、案例分析 Oklahoma州立大学和Oklahoma大学的科学家联手研究独黑粉菌基因组，该真菌以厌忝溧搔庙氧状态寄生在大型家畜的胃肠道中，负责降解植物类材质。经分离的C1A菌株拥有大型真菌基因组，超过100Mb，共16000个以上的编码基因。C1A菌株的GC含量超低，仅17%。不仅如此，这个菌株还有一个非常罕见的特征，即基因间的非编码区域非常大，占据了73%，里面大量SSR，占整个基因组5%的比例。研究人员最开始基于Illumina的Paired-End技术，测了290X覆盖度，但组装效果非常糟，Contig数为82325个，N50仅为1666bp，而且其中32.4%都是长度仅300-900的短Contig，于是他们加测了10X覆盖度的PacBio数据，最终使QV值达到59.7，即准确率接近99.9999%。“最终的组装结果使N50/N90获得了不可思议的提升，特别是发现了大量之前在Illumina结果中丢失的内含子信息，其中主要都是SSR。