流感病毒鉴定引物设计攻略

1、模板的选择选择合适的模板无疑成功了一半。虽然同是一种病毒的HA基因，但是这些基因之间是有差异的，有些适合作为引物设计的模板，有些却不适合。我们可以找到3-5条最近期被GenbanK登录的，然后全部下载下来进行基因比对，最终找到一条较完整的序列。

3、开放阅读框ORF什么是ORF，通俗来讲就是基因可被翻译的部分。我们设计引物最好是在ORF内设计，当然非ORF设计的引物也是能被接受的。

5、选择保守区域设计一对颖腩衤趟鉴定引物，先要在病毒模板上选择合适的区域。什么才是适合的呢？首先要能对病毒进行分型，以流感病毒HA基因为例，HA是流感病毒主要的表面抗原，对病毒分型至关重要。其次，选择基因相对保守的区域，也就是变化较少的区域，比如HA相对保守的区域在400bp以后，也就是最好选择400-1600bp的范围，这步至关重要。

7、产物GC含量产物的GC含量多少对合成率也有影响，我们一般将产物的GC含量把控在40%-50%之间，且两条产物之间的差距不能太大。