外泌体数据库你知道多少

2024-10-14 07:55:16

近年来,外泌体有多火就不用小医多说了吧。在肿瘤等疾病的基础研究、转化应用和诊断治疗中展现出巨大潜力,那研究热度真的是蹭蹭往上涨。当然在国自然剐疫柩缓项目中,外泌体的中标项目及资助金额也是飙升,成为国自然数一数二的热点之一。也许你在担心自己的课题不适合做外泌体,莫慌!实际上外泌体是一个非常特殊的对象,它并不是终极的一个分子或蛋白,它是一个单位,而这一单位是细胞与细胞之间沟通方式的最主要形式,因此你可以想象,几乎所有生物医药研究领域,你都可以全新的,从外泌体的角度进行挖掘!今天就给大家介绍几个外泌体研究中常用的数据库!

工具/原料

外泌体研究中常用的数据库

EVpedia-外体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

1、EVpedia是由韩国项浦大学创建的一个完整而全面的蛋白质组、转录组和脂肪体数据库,其来源于古菌、细菌和真核生物,包括人类。

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2、ExoCarta的一个典型特点就是具有外泌体蛋白动态的蛋白与蛋白之间相互关系网以生物学通路。用户可以从大量的研究中下载最常用的蛋白数据。下载的文件可用于进一步直接导入到FunRich工具,以便进行其他的功能富集和相互关系网分析。

Vesiclepedia --外体蛋白质、RNA和脂质数据库

1、Vesiclepedia,一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检殇矬岭柳索工具库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个割飧褡迨独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索。

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外基-外体圆环RNA数据库、INcRNA和mRNA

1、外RBase是一个循环RNA(CircRNA)、长非编码RNA(INcRNA)和信使RNA(MRNA)的储存库,这些RNA和mRNA是从人血外体的rna-seq数据分析中提取出来的。还包括已发表文献的实验验证。

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exRNA图谱-外显子RNA数据库

1、ExRNA图谱是细胞外RNA通讯联盟(ERCC)的数据仓库,包括来自人和小鼠生物液的小RNA测序和RT-qPCR衍生的exRNA图谱。所有rna-seq数据集都使用第4版的摘录小型rna-seq管道并将ERCC制定的质量指标统一应用于这些数据集。

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